ドラゴンと人間が共存している世界で繰り広げられるパズドラzの遊び方は、まずは街に出て冒険に必要な情報を集めることから始まります。
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モンスターたちをたくさん集めてバトルチームを編成したら、戦いの場であるダンジョンへ進みます。ダンジョンでモンスターを見つけてバトルに勝利すると、エッグを入手することができます。手に入れたエッグからモンスターが誕生すれば仲間となり、どんどん増やしていき次のバトルに備えることができるのが特徴です。またバトルではチップをゲットすることがあり、組み合わせると仲間モンスターを強力進化させることが可能です。
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圧倒的なクオリティと世界観を持つパズドラzのダンジョンの攻略術は、進むルートによって宝箱がゲットできるためルート選択がカギになります。ホウライエリアの平原では野生のリン族がたくさん生息していて、木属性の敵ばかりのため火属性のモンスターを助っ人にします。旅立ちの平原では宝箱の開け方などのレクチャーがあるため、きちんと聞いておくとあとで困りません。
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ヒスイ川で出現するモンスターはすべて水属性のため、平原でエッグを入手したらふ化させて仲間に加えておくと有効です。ここをクリアするとモンスターの進化装置が使用できるようになります。森はすべて火属性の敵のため水属性のモンスターを連れていき、ステージ2ではバトルが2回あるためボス戦まで体力を温存するためにバトルを長引かせないよう気をつけます。ホウライエリアのラストダンジョンである木の神殿は、強敵ぞろいですが木属性ばかりのためパーティは火属性で組みます。ボスはどちらのステージも強力なので、1体ずつ倒していきます。
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パズドラzの究極生命体であるエニグマの攻略パーティは、仲間の推奨レベルが60以上となります。エニグマは実質6体の敵と戦う形になるため、最初に全体攻撃で優位に立つことが出来るようスキルを駆使していきます。コアが閉じているときは攻撃してもダメージを与えることができないため、開いた時を見計らって集中的に狙い撃ちします。首を最低3つ以上消してから攻めるのがポイントで、他の首が生きている場合攻撃してもダメージが分散されてしまいます。
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エニグマはコアが開くときにランダムに属性を変化させるのが特徴です。5つある首のなかでも1番やっかいなものは聖天の首で、2体マヒを使用してくるため最初のターンで倒してスキルを封じ込めます。もし最初のターンで倒せないようならば、まだまだ戦力を上げる必要があるということです。次に消しておくとあとが楽になる首は攻撃力が高いものです。防御力は0ですが攻撃力がとても危険で、できれば攻撃ターンが来る前に倒しておきたいところです。夜天の首はドロップを闇で覆って判別できなくしますが暗闇ドロップを動かせば解除が可能で、注意したいのは連続攻撃を仕掛けてきて体力を1万近く奪われてしまう点です。蒼天の首は画面を凍り付かせてドロップを見えなくしてくるため、見える範囲のドロップだけを使って落ち着いて攻撃を組めば大丈夫です。防御力がとにかく高い首がありコアへの攻撃を妨害してきますが、無視してコアを狙い続けます。毒を使用したり防御力無視の攻撃スキルで倒すこともできます。コアを無理に狙っていくのではなく、まずは首から消していきますが、聖天の首からの順番をきちんと守ると倒しやすくなっています。全体攻撃が得意なドラゴンズロアなど攻撃系のスキルを持ったモンスターをパーティに入れておけば、一気に首を5体倒すことができるためとても有利です。エニグマがスキルを使うとすぐに復活するため、首を倒してコアを攻撃することを繰り返します。