銀魂の中でもひときわ人気が高い組織と言えば、真選組をモチーフにした隊士が漫画銀魂にも登場しており、隊長の近藤、副長の土方、そしてイケメンの沖田の3人が絶大な人気を誇ります。元々真選組はフィクションの世界でも人気があるモチーフです。正直なところ、多くの漫画やアニメで多用された題材でもあります。しかし、銀魂はただの二枚目の組織として、真選組を描きませんでした。近藤、土方、沖田の3人もついても、決定的な欠点をわざと持たせた、と作者の空知先生は話しています。
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近藤はお妙さんのストーカー、土方はマヨネーズマニアでオタクキャラとしての一面があり、沖田についてはドSで子供っぽい一面があるなど、他の作品だと普通にイケメンキャラとして描かれるだけの真選組が、銀魂の世界では癖が強いキャラクターに昇華されています。普段は主人公の銀時らと組んで、お馬鹿な行動をする事がほとんどです。主人公のよろず屋と真選組は、物語の関係上、いわゆるライバル関係や敵対関係にありますが、日常パートではほとんど仲間です。
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真選組もシリアスなストーリーパートを除けば、基本的にギャグキャラとして描かれています。近藤は意味もなく全裸になったり、下品なセリフを平気で口走ったり、おかしな宇宙人をお見合いを計画されたりと、完全に三枚目キャラとして描かれていますし、見た目こそイケメンで細身な土方も食べ物には全てマヨネーズをかけなければいけなかったり、妖剣の呪いで秋葉原のオタク風キャラになってしまったりと、日常パートで登場する真選組の面々は本当に良い意味で酷い方ばかりです。
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しかし、銀時の本筋は近頃急ピッチで最終回に向かっていると言われています。普段はギャグ一色のお話ですが、シリアスな長編が始まると、普段とはまるで違った超がつく程、話が重たくなります。真選組はストーリー的には非常に難しい立ち位置です。近藤や土方や沖田の三人組は、銀魂のストーリーパートに深く関連しており、また表向きには幕府に忠誠を近い、お上に従い、普段は警察機構のいち員として行動しています。
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しかし背景には見えない黒幕によって自分たちが不当に虐げられている実情を理解しており、今回もまたストーリーの進行によって、真選組が実質的に解散に追い込まれようとしています。そもそも銀魂のラスボスとされる宇宙人側の勢力としては、銀時や真選組のメンツは完全に侵略と征服活動によって邪魔なものです。真選組が黒幕の策戦によって解散に追い込まれるのは、実は当然の結果とも言えます。
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真選組の顔とも呼べる隊士3人の行く末ですが、一体どうなってしまうのでしょうか。まず近藤ですが、隊長としてシリアスパートでは責任感を感じる事が多く、解散後もおそらく幕府の周辺にいるものと思われます。ただ、近藤もまた宮仕えの身でありながら、面従腹背である事は意識しており、よろず屋サイドでもお妙さんの鶴の一声で、銀時の仲間になる可能性は高いです。
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副長の土方についても同様であり、むしろ元々一匹狼で反権力な気質が目立つ彼なら解散直後から、元々シンパシーを感じていた銀時の相方になってもまるで不思議はありません。それこそ真選組の大敵である桂とも、土方は組んでも不思議ではありません。沖田もまた土方とは喧嘩ばかりをしていますが、元々の根っこの部分完全に瓜二つです。真選組の3人もまた解散後は、よろず屋サイドの仲間メンバーになる可能性が高いです。
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あるいは桂などの攘夷志士と水面下で合流し、真選組の解散を企てた黒幕を討伐するため、立場を180度転換して、反幕府サイトの勢力になるでしょう。元々近藤達も上司である松平には絶大な信頼を置いているものの、あくまで恩人として感謝しているに過ぎず、大きなきっかけがあれば、反権力側に転身し、完全に銀時のサポート役になる方がむしろ自然な結果です。